В основе традиционных религиозных верований кумандинцев лежала вера в духов, которые, по их представлениям, населяли три сферы: небесную, земную и подземную. Все духи разделялись на две категории: чистых (арыг тос) и нечистых (кара тос).

К числу чистых небесных духов относились духи-покровители рода (тос или пайана): у сеока чоот – Солу-каан, у табыска – Пагдыг-каан, у родов челей, чедыбер и калар – Бай-Улъгенъ и т. д. Верховным божеством считался Бай-Улъгень, у которого было семь или девять сыновей и семь или девять дочерей. Земные духи считались чистыми —это хозяева гор, вод, хозяйка огня, покровители охоты, например, Шалыг – внук Ульгеня. Им регулярно устраивались жертвоприношения, к ним обращались шаманы во время своих ритуальных обрядов – камланий.

Каждый кумандинский сеок имел свою священную гору-покровительницу рода. На ней «обитал» дух-покровитель рода. От хозяина горы кумандинские шаманы получали право на камлание. Вблизи родовых гор мужа запрещалось находиться женщинам с непокрытой головой, босыми, подниматься на гору и произносить ее название вслух.

Местообитанием нечистых духов был подземный мир. Главой его был Эрлик – олицетворение зла. Помимо Эрлика, его сыновей, злых духов из свиты Эрлика существовали еще и родовые нечистые духи, например, у сеока шабат таковым был Ындырлыг-аза.

Особо выделялась категория семейных покровителей куртыйак или орокеннер (старушки) в виде небольших тряпичных человеческих фигурок (в частности, так они выглядели у представителей сеока челей) или же не имевших изображений и известных под именем когды или кош-келген (пришедший следом). Эти духи помогали девушке в новом доме после выхода ее замуж.

Общение людей с этими духами и верховными божествами Ульгенем и Эрликом происходило посредством шаманов (кам). Кумандинские шаманы различались по категориям: «сильные» и «средние» могли камлать как с бубном, так и с пучком березовых веток. Шаманы играли важную роль в обрядах жизненного цикла, их участие было необходимо в родовых жертвоприношениях лошади духу-покровителю сеока (тайэлга), а также во время эротического обряда кочо-кан.

Шаман камлал с помощью бубна (туур) и колотушки (ырбык/орбо). Бубен осмыслялся как ездовое животное: во время камлания шаман называл его алты бркбшту ак адан – «шестигорбый священный верблюд». По форме рукояти кумандинские бубны можно разделить на три типа: марс – бубны «шорского типа», с неантропоморфной рукоятью и своеобразной разрисовкой внешней стороны бубна, каным – с рукоятью в виде двухголовой фигурки и тезим/чезим – с рукоятью в виде фигурки с одной головой. У некоторых шаманов могло быть одновременно несколько бубнов, в случае если бубны были получены от разных духов.

Существовали также другие ритуальные специалисты, обозначавшиеся, в зависимости от специализации, иными терминами: ырбыкчы шабычылары – бьющие пучком, колотушкой, аласчы -– специалисты по ритуальному очищению огнем, коспекчи – ясновидящие и др.

Значительное место в традиционных религиозных верованиях кумандинцев занимали духи-помощники охотников: тайгам, каным, шалыг. Их антропоморфные изображения вырезались охотниками из дерева. Время от времени в честь этих духов устраивались специальные камлания и жертвоприношения.

Важными религиозными обрядами у кумандинцев были жертвоприношения коня духу-покровителю рода (тайэлга), а также обряд Кочо-кан, имевший под собой ярко-выраженную эротическую подоплеку. Оба этих обряда предполагали участие мужчин – представителей одного сеока, присутствие членов других сеоков не допускалось. Главную роль играм шаман, который обеспечивал общение с духами верхнего мира и «доставлял» душу жертвенного животного покровителю рода.

Кочо-кан – один из центральных кумандинских обрядов, связанных с жертвоприношением лошади, проводился у верхних кумандинцев весной, а у нижних кумандинцев – осенью после уборки урожая. Во время этого обряда шаман «спускал» на землю одного из небожителей – собственно Кочо-кана, который «вселялся» в одного из присутствующих мужчин. Этот мужчина надевал на себя берестяную маску, а в руки брал деревянный фаллос и начинал себя вести как жеребец во время гона, стараясь коснуться этой деревяшкой всех встречных людей. Воплощенного Кочо-кана, пускавшегося в поход по всем окрестным деревням, сопровождала группа мужчин, которые собирали с людей дары – продукты питания и табак. Все собранное затем делилось между всеми участниками, а игра Кочо-кана переходила в песенное состязание тамыр-томыр. В современной праздничной культуре кумандинцы возродили этот старинный обряд и проводят его с некоторыми изменениями в октябре.

В первой половине XIX в. кумандинцы были крещены и по официальным документам числились как православные «новокрещенные инородцы». На местах проживания кумандинцев развернула свою активную работу Алтайская духовная миссия. Но православие полностью не вытеснило традиционные верования, которые в отдельных районах сохраняются и до наших дней. В некоторых случаях у кумандинцев фиксируются случаи слияния христианских и традиционных верований.